Antes conocida como flora intestinal, es el conjunto de microorganismos (arqueas, bacterias, hongos y virus) presentes en los intestinos. Es un reservorio esencial de actividad enzimática para la digestión y la fisiología general del animal. Como tal, influye en la salud y es muy sensible a una serie de parámetros: estrés, transición alimentaria, antibióticos, etc.
